Geïnspireerd door de samenwerking met topdirigenten bij het Rotterdams Filharmonisch, besluit Michel Tilkin zijn glansvolle carrière als solist en orkestmuzikant af te sluiten om zich volledig te concentreren op het dirigeren. Ondertussen heeft hij bij de Vlaamse Opera, de wereldcreatie van de opera “Achilleus” van Wim Henderickx en “De grote verzoeking van Sint-Antonius” van Louis De Meester gedirigeerd. Recent leidde hij er een 20-tal voorstellingen van de “Die Lustige Witwe”.

Een eerste hoogtepunt in z’n loopbaan als dirigent bereikte hij toen hij met het Internationale Jeugdorkest der “Jeunesses Musicales” n.a.v. de “herdenking van de Vrede in Westfalen” een tournee leidde in Duitsland. Hij wekte hiermee de nodige interesse en kreeg al gauw de kans aangeboden om dirigenten als Kurt Masur, Juri Temirkanov, Neville Marriner, Yakov Kreisberg, Armin Jordan, Jeffrey Tate en Philippe Herreweghe regelmatig te assisteren. Een tijdje later starten het Nationaal Orkest van België, het Kon. Filharmonisch Orkest van Vlaanderen, het Vlaams Omroeporkest en het Symfonieorkest van Vlaanderen een intensieve samenwerking met Michel. In het buitenland oogst hij aanzienlijke successen met het Symfonisch Orkest van Kristiansand, het Limburgs, het Brabants en het orkest van het Oosten (NL), het Nationaal Orkest van Letland en het orkest van Thüringen-Gotha. Met dit orkest verzorgde hij een gastoptreden in het “Konzerthaus Berlin”. Ter gelegenheid v/d heruitgave en evocatie van de allereerste radio-uitzending in België, dirigeerde Michel TILKIN het instrumentaal ensemble van het VRO n.a.v. een concert in de Koninklijke Serres van Laken.

Tijdens het seizoen 06/07 was hij opnieuw te gast bij het Vlaams Radio Orkest en het Symfonisch Orkest van de Vlaamse Opera (o.a. met Brahms’ Ein deutsches Requiem). Ook, dirigeerde hij op initiatief van het Limburgs Symfonieorkest een Beethoven-cyclus in Nederland.

In Juni 2001 nam hij voor het kwaliteitslabel Channel Classics de pianoconcertos van Dvorak en Schumann op : een productie met de bekende Nederlandse pianist Paolo Giacometti en het Gelders Orkest. De release ging gepaard met een groot aantal concerten in de Benelux (o.a. concertgebouw A’dam). Met het Vlaams Radio Orkest nam Michel Tilkin Franz Schuberts “Unvollendete” symfonie op (verschenen op het Klara CD-label) en de hedendaagse “Erotokritos & Areti”, de jongste opera van de Griekse componist Yannis Markopoulos (op Universal).